SQL-сервер на моей площадке на виртуальном хостинге Masterhost падал в 3 ночи (MySQL server has gone away).
Я задал вопрос об этом в поддержу ещё марте, и проблема актуальна и сейчас.

Раз тогда техподдержа не разобралась, а я всё это время пусть и немного, но страдал (думая что причина - мои кривые скрипты, на проверку которых я потратил время), то вот, когда сейчас я выяснил что проблема не в них - пишу сразу сюда.

Я не знаю точно в чём конечная причина - может быть моя площадка стоит на кривом сервере, может быть в 3 ночи что-то перезагружают или делают бек-апы таким способом что всё подвисает, но причина не на моей стороне, о чём далее будут доказательства.

Переписка
-----
Я: Здравствуйте,
Не работают веб-сайты ровно в 3 часа ночи около 1 мин .
------
Суппор: Ошибка "MySQL server has gone away" означает, что запрос к MySQL-серверу был отправлен слишком "тяжелый"(находившийся в обработке/ожидании сервера свыше 60 секунд) и сервер прервал соединение и его выполнение по лимитам допустимой нагрузки. Вам нужно обратиться к разработчику сайта для поиска этого запроса и анализа причин столь долгого его исполнения.
----
Я: Я и есть разработчик сайта.
Какой хоть запрос можно уточнить?
----
Суппор: К сожалению, ваша проблема имеет крайне ситуационных характер, и определить ее можно лишь в момент возникновения. Для этого рекомендую Создать для каждой базы данных отдельного пользователя, чтобы исключить влияние других сайтов:

https://masterhost.ru/support/faq/cp/ser...

Лога всех запросов MySQL не ведется. В логе медленных запросов(больше 10 секунд использования процессора) записей о ваших базах нет, что говорит о том, что запрос может выпадать в ожидание. Следует в скриптах сайта включать логирование запросов и анализировать фиксирующиеся после 03:00 запросы MySQL.

Так же следует проверить влияние действий, запускающихся по расписанию.
----------------------------------------------------------

После этого, я некоторое время смотрел код своих сайтов, пытаясь понять, что может отправлять SQL в аут. Предполагая, что это возможно пересчёт какой-то статистики записей или что-то подобное.
Ничего не нашёл (Cron я разумеется проверил тоже).

Не то чтобы это была проблема века, но было неприятно.

Сегодня меня посетила отличная мысль - если я не допущу запуск ни одного своего скрипта через Web, а SQL-сервер зависнет - то проблема не в скриптах.
Я переименовал все папки сайтов в корне, таким образом все сайты и все их скрипты стали недоступны для открытия и выполнения кем бы то ни было из вне.

Я создал тестовую площадку на новом субдомене известном только мне, которая осталась работать одна единственная, и запустил оттуда свой скрипт, который пытался "пинговать" SQL ведя логи этого одновременно в базу данных и текстовый файл на сервере (код приведу в конце).

php-cкрипт вызывался через Cron каждую 1 минуту (других заданий не было).
Сам php-скрипт выполнял за каждый запуск - 5 итераций (1 итерация каждые 10 секунд) - итого, каждые 10 секунд происходила попытка доступа в базу данных и записи туда текущего времени. Параллельно запись велась в текстовый файл.

И вот, в 3 часа и 3 минуты (я замечал сам и ранее, что время не всегда "точно" в 3) - SQL ушёл в аут.

Сначала логи из текстового файла с моими примечаниями

// всё стабильно до этого
29-08-2019 03:00:21 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:00:31 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:00:41 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:00:51 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:01:02 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:01:12 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:01:22 - link Ok, write Ok
// Тут пошли ошибки и какой-то обрезанный текст. Предположительно не только SQL, но и php работал некорректно какое-то время. Перепутались записи... Возможно сбился таймер датайм (обновилось время в 3 ночи), переполнился стек, или что-то ещё.

29-08-2019 03:01:32 - link Ok29-08-2019 03:02:01 - link Ok, write FALSE (!!!):MySQL server has gone away
29-08-2019 03:02:53 - link Ok29-08-2019 03:03:01 - link Ok, write FALSE (!!!):MySQL server has gone away
, write Ok
, write Ok
29-08-2019 03:03:23 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:03:31 - link Ok29-08-2019 03:03:31 - link Ok, write Ok
, write Ok
29-08-2019 03:03:33 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:03:41 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:03:43 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:03:51 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:03:53 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:01 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:01 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:03 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:11 - link Ok, write Ok
// далее всё снова стало нормально
29-08-2019 03:04:11 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:21 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:31 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:41 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:04:51 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:05:01 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:05:11 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:05:21 - link Ok, write Ok
29-08-2019 03:05:31 - link Ok, write Ok

Аналогичные логи в SQL
Структура SQL-таблицы "SQLping"
POS int(11) AUTO_INCREMENT
DATA text

81 29-08-2019 03:00:21
82 29-08-2019 03:00:31
83 29-08-2019 03:00:41
84 29-08-2019 03:00:51
85 29-08-2019 03:01:02
86 29-08-2019 03:01:12
87 29-08-2019 03:01:22
// выше всё нормально - а здесь началась чехарда. 88 и 89я записи перепутаны по времени
88 29-08-2019 03:03:01
89 29-08-2019 03:02:53
90 29-08-2019 03:03:23
91 29-08-2019 03:03:31
92 29-08-2019 03:03:31
93 29-08-2019 03:03:33
94 29-08-2019 03:03:41
95 29-08-2019 03:03:43
96 29-08-2019 03:03:51
97 29-08-2019 03:03:53
98 29-08-2019 03:04:01
99 29-08-2019 03:04:01
100 29-08-2019 03:04:03
101 29-08-2019 03:04:11
102 29-08-2019 03:04:11
// снова всё всё нормально - запись каждые 10 сек.
103 29-08-2019 03:04:21
104 29-08-2019 03:04:31

=======

Теперь сам код php-скрипта, который я вызывал кроном каждую 1 минуту.
Кому интересно - можете создать у себя в базе данных таблицу со структурой как я указал выше и запустить у себя этот код (не забудьте только потом выключить).
Возможно проблема не только у меня.

Далее будет только код (табы пришлось убрать - не позволяет местное форматирование). На этом всё.

<?php
$host = 'uXXXXXX.mysql.masterhost.ru'; // адрес сервера
$database = 'uXXXXXX'; // имя базы данных
$user = 'uXXXXXX'; // имя пользователя
$password = 'XXXXXXXXX'; // пароль

for ($i = 1; $i <= 6; $i++) {
$current_datetime = date('d-m-Y H:i:s', time()); // текущее время и дата
$SQLconn = mysqli_connect($host, $user, $password, $database); // Открываем подключение к mySQL

if (!$SQLconn) { // если соединение не удалось
// отмечаем это в log-файле:
$report2log = $current_datetime." - link FALSE (!!!): ".mysqli_connect_error()."\r\n";
Store2LogFile($report2log);
}
else // если соединение было успешно
{
$report2log = $current_datetime." - link Ok"; // делаем запись в log-файл
Store2LogFile($report2log);
// строка SQL-запроса
$report2SQL = "INSERT INTO SQLping (`POS`, `DATA`) VALUES (NULL, '".$current_datetime."')";

// попытка выполнить строку SQL запроса
if (mysqli_query($SQLconn, $report2SQL)) {
echo "ok.";
$report2log = ", write Ok\r\n"; // при успехе - отмечает так-же в Log-файле
Store2LogFile($report2log);

} else // при ошибке SQL-запроса - отмечаем в Log-файле
{
echo "Err.";
$report2log = ", write FALSE (!!!):".mysqli_error($SQLconn)."\r\n";
Store2LogFile($report2log);
}

mysqli_close($SQLconn); // закрываем подключение к mySQL
}

if ($i <> 6) sleep(10);

} //end FOR

function Store2LogFile($report2log) // фун-кция записи в Log-file на сервере
{
$logfile = fopen('SQLCheck.log', 'a'); // Открываем Log-файл
fwrite($logfile, $report2log);
fclose($logfile); // закрываем Log-файл
}

?>